Школьное ведомство подошло формально, не вникнув в Вашу ситуацию, но, как есть. Ведомство не хочет иметь зарегистрированного в его районе ребёнка, который не посещает школу, а остальное ведомство не интересует, в том числе и Ваши мыслимые визовые проблемы. Ситуация мне не нравится, но всё не так страшно. Вы можете не снимать ребёнка с регистрации, а потом объясняться со школьным ведомством. Или снять ребёнка с регистрации, но получить гарантии ведомства по делам иностранцев о сохранении вида на жительство по факту краткосрочного отсутствия и выписки. В общем, я не вижу, почему Вы должны облегчать жизнь школьному ведомству. Это не Ваша первичная задача.
Ответы носят информационный характер и не имеют юридической силы.